La historia del gobierno de Baja California Sur (BCS) inicia con su establecimiento como territorio federal en 1824, tras la independencia de México, bajo la Constitución de ese año. Originalmente parte de la Baja California, se separó en 1974 para convertirse en estado libre y soberano, con La Paz como capital.

Tras su elevación a estado, BCS adoptó su propia constitución y un sistema de gobierno republicano, representativo y popular, dividido en poderes ejecutivo, legislativo y judicial. El ejecutivo es encabezado por un gobernador electo cada seis años, sin reelección, mientras el Congreso local, unicameral, y el poder judicial garantizan el equilibrio democrático.

El Palacio de Gobierno de Baja California Sur está ubicado en la calle Isabel La Católica S/N, en la colonia Centro, en la ciudad de La Paz, BCS.